Ошибка при загрузке пакета nlmixr2 R: ошибка: ‘.lbfgsb3cPtr’ не является экспортируемым объектом из ‘namespace:lbfgsb3c’

Вопрос или проблема

> library(nlmixr2)
Загрузка необходимого пакета: nlmixr2data
Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для ‘nlmixr2’:
 .onLoad не удалось в loadNamespace() для 'nlmixr2est', подробности:
  вызов: NULL
  ошибка: '.lbfgsb3cPtr' не является экспортированным объектом из 'namespace:lbfgsb3c'

> R.version
               _                                
платформа       x86_64-w64-mingw32               
арх           x86_64                           
ос             mingw32                          
crt            ucrt                             
система         x86_64, mingw32                  
статус                                          
основной          4                                
вторичный          3.2                              
год           2023                             
месяц          10                               
день            31                               
svn рев        85441                            
язык       R                                
строка версии R версия 4.3.2 (2023-10-31 ucrt)
псевдоним       Eye Holes                        
> packageDescription("nlmixr2")$Version
[1] "3.0.0" 

Ответ или решение

Ошибка, с которой вы столкнулись при попытке загрузить пакет nlmixr2 в R, указывает на проблему с зависимостями, связанной с пакетом lbfgsb3c. Ошибка: «.lbfgsb3cPtr не является экспортируемым объектом из пространства имен: lbfgsb3c» может произойти по нескольким причинам, и её решение включает в себя несколько шагов.

Причины проблемы

1. Несоответствие версий: Возможно, версия пакета lbfgsb3c, установленная в вашей системе, несовместима с версией nlmixr2, которую вы пытаетесь загрузить. Обратите внимание, что nlmixr2 может зависеть от конкретной версии lbfgsb3c.

2. Устаревшие пакеты: Иногда другие библиотеки, от которых зависит nlmixr2, могут быть устаревшими или неправильно установленными.

3. Кэшированные данные: В некоторых случаях может помочь очистка кэша пакетов и повторная установка.

Шаги для решения проблемы

1. Обновление пакетов:

   • Убедитесь, что вы имеете последнюю версию всех пакетов, включая lbfgsb3c. Выполните следующую команду в R:

     update.packages(ask = FALSE)

2. Переустановка lbfgsb3c:

   • Попробуйте удалить пакет lbfgsb3c и установить его заново:

     remove.packages("lbfgsb3c")
     install.packages("lbfgsb3c")

3. Проверка зависимостей nlmixr2:

   • Просмотрите список зависимостей nlmixr2 с помощью:

     packageDescription("nlmixr2")$Depends

   • Убедитесь, что все зависимости установлены и обновлены.

4. Очистка кэша пакетов:

   • Иногда старые скомпилированные версии пакетов могут вызвать конфликты. Очистите временные файлы и кэш, используя функции remove.packages и install.packages, как указано выше.

5. Создание нового R-сессии:

   • Закройте текущую сессию R и откройте новую, чтобы устранить возможные конфликты в памяти.

6. Проверка версии R:

   • Убедитесь, что ваша версия R (4.3.2) поддерживается установленными пакетами. Иногда новые версии пакетов требуют более поздних версий R. Если возможно, обновите R до последней стабильной версии.

7. Проверка на GitHub:

   • Иногда проблему может решить установка пакетов непосредственно из репозитория GitHub. Используйте devtools для установки:

     if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
     install.packages("devtools")
     
     devtools::install_github("nlmixr2/nlmixr2")

Заключение

Если после выполнения всех вышеуказанных шагов проблема не решается, рекомендуется обратиться на форумы поддержки сообщества (например, Stack Overflow или GitHub), указав полное сообщение об ошибке и шаги, которые вы уже предприняли. Сообщество разработчиков часто может предложить конкретные решения для неразрешённых вопросов или указать на известные проблемы с версиями пакетов.