Форматирование шкал в ggplot() с помощью scale_x_date(), но класс не распознаётся.

Содержание

Вопрос или проблема
Ответ или решение
Проблема с форматированием шкал в ggplot2: классы в R
Исходная проблема
Решение
Дополнительные проверки
Заключение

Вопрос или проблема

Я пытаюсь построить некоторые данные, которые были записаны минимум дважды в неделю на протяжении примерно 30 недель. При попытке построить график с помощью ggplot() я пытаюсь настроить ось x с датами, чтобы на оси не было более 30 значений в формате ГГГГ-ММ-ДД.

Вот кусок кода для справки:

RA_summary_2024 |> 
  filter(`SLF Density` != "control") |>  
  ggplot(aes(factor(Date), y = `Proportion Deployed`, fill = `Treatment Type`)) +  
  theme_minimal() + 
  labs(x = "Дата", y = "Доля повторно выделенного населения") +
  scale_x_date(date_breaks = "1 месяц", date_labels = "%B") +
  scale_y_continuous(limits = c(-0.1, 1)) +
  geom_smooth(aes(group = `Treatment Type`), color = "black", method = "loess", se = TRUE) +
  facet_wrap(~ `Density Value`)

К сожалению, я получаю следующую ошибку

Ошибка в `transformation$transform()`:
! `transform_date()` работает только с объектами класса <Date>

Когда я дважды проверил данные, команда head() указала, что этот код находится в формате.

> head(RA_summary_2024)
# A tibble: 6 × 12
  Date       `Cage Number` `Treatment Type` `SLF Density` `Density Value`
  <date>             <dbl> <chr>            <chr>                   <dbl>
1 2024-07-18             1 native           control                     0
2 2024-07-22             1 native           control                     0
3 2024-07-25             1 native           control                     0
4 2024-07-29             1 native           control                     0
5 2024-08-01             1 native           control                     0
6 2024-08-05             1 native           control                     0
# ℹ 7 больше переменных: `Total Count` <dbl>, `SLF to Deploy` <dbl>,
#   `Proportion Deployed` <dbl>, `4th Instar` <dbl>, `Adult (Male)` <dbl>,
#   `Adult (Female)` <dbl>, `Adult (Unable to Determine Sex)` <dbl>

При попытке решить эту проблему я попробовал заставить Rstudio работать с помощью функции mutate() & as.Date():

RA_summary_2024 |> 
+   filter(`SLF Density` != "control") |>  
+   mutate(`Date` = as.Date(`Date`, format = "%Y-%m-%d")) |> 
+   ggplot(aes(factor(Date), y = `Proportion Deployed`, fill = `Treatment Type`)) +  
+   theme_minimal() + 
+   labs(x = "Дата", y = "Доля повторно выделенного населения") +
+   scale_x_date(date_breaks = "1 месяц", date_labels = "%B") +
+   scale_y_continuous(limits = c(-0.1, 1)) +
+   geom_smooth(aes(group = `Treatment Type`), color = "black", method = "loess", se = TRUE) +
+   facet_wrap(~ `Density Value`)
Ошибка в `transformation$transform()`:
! `transform_date()` работает только с объектами класса <Date>

Ошибка все еще возникает. Есть ли какие-либо идеи?

Ответ или решение

Проблема с форматированием шкал в ggplot2: классы в R

Когда вы работаете с визуализацией данных в R, особенно с ggplot2, может возникнуть ряд проблем, связанных с форматированием дат и их распознаванием. Одной из наиболее распространенных ошибок является сообщение:

Error in `transformation$transform()`:
! `transform_date()` works with objects of class <Date> only

Давайте разберем эту проблему более подробно на вашем примере.

Исходная проблема

В вашем коде вы пытаетесь отобразить ось X с помощью функции scale_x_date(), однако до этого в aes() вы используете factor(Date). Это приводит к возникновению ошибки, так как scale_x_date() работает только с объектами класса <Date>, а не с факторами.

Ваш кусок кода выглядит следующим образом:

ggplot(aes(factor(Date), y = `Proportion Deployed`, fill = `Treatment Type`)) +

Используя factor(Date), вы преобразуете даты в факторы, а затем ggplot пытается передать эти факторы к scale_x_date(), что и вызывает ошибку.

Решение

Чтобы устранить эту ошибку, вы должны удалить вызов factor() вокруг Date в функции aes() и оставить Date в его оригинальном формате:

ggplot(aes(Date, y = `Proportion Deployed`, fill = `Treatment Type`)) +

Таким образом, ваш код будет выглядеть следующим образом:

RA_summary_2024 |>
  filter(`SLF Density` != "control") |>
  ggplot(aes(Date, y = `Proportion Deployed`, fill = `Treatment Type`)) +
  theme_minimal() + 
  labs(x = "Date", y = "Proportion of Population Re-Deployed") +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels = "%B") +
  scale_y_continuous(limits = c(-0.1, 1)) +
  geom_smooth(aes(group = `Treatment Type`), color = "black", method = "loess", se = TRUE) +
  facet_wrap(~ `Density Value`)

Дополнительные проверки

Если проблема сохраняется после этих изменений, проверьте следующее:

Тип данных в Date: Убедитесь, что действительно столбец Date является типом <date>. Вы можете проверить это с помощью str(RA_summary_2024) или class(RA_summary_2024$Date).
Приведение к дате: Если по каким-то причинам Date не распознается как дата, выполните преобразование:
```
RA_summary_2024 <- RA_summary_2024 |>
  mutate(Date = as.Date(Date))
```
Применение функции scale_x_date(): После этого изменение в коде должно устранить предыдущие ошибки и корректно отобразить даты по оси X.

Заключение

Проблемы с отображением дат в ggplot2 могут быть связаны с неправильным форматом и типом данных. Убедитесь, что вы используете формат даты корректно, без дополнительных преобразований в фактор. Это должно помочь в успешной визуализации ваших данных, и избежать дальнейших ошибок.