как установить R renv на Debian 12?

Вопрос или проблема

$ Rscript -e 'install.packages("renv")'
Установка пакета в «/usr/local/lib/R/site-library»
(так как «lib» не указан)
Предупреждение при установке пакета "renv" :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' недоступен для записи
Ошибка при установке пакета "renv" : невозможно установить пакеты
Выполнение прервано
$

$ Rscript -e '.libPaths()'
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"     
$ Rscript -e 'getOption("repos")'
    CRAN 
"@CRAN@" 
$ 

Ответ или решение

Установка пакета renv для R на сервере Debian 12, где у вас отсутствуют права администратора, требует выполнения нескольких шагов, направленных на установку пакета в локальную директорию вашего пользователя. В данной инструкции подробно описаны необходимые действия.

Шаг 1: Проверка существующей конфигурации R

Перед установкой пакета renv, важно удостовериться, что у вас правильные настройки пути для библиотек и репозиториев R. Выполните следующие команды:

Rscript -e '.libPaths()'
Rscript -e 'getOption("repos")'

На основании предоставленного вами вывода это может выглядеть так:

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"     
"@CRAN@"

Убедитесь, что R указывает на корректные пути и репозиторий для загрузки пакетов.

Шаг 2: Установка пакета в локальную директорию

Поскольку у вас нет прав для записи в системные директории, необходимо установить пакет в вашу локальную директорию. Мы создадим директорию для библиотек и укажем R использовать её.

1. Создайте директорию для пакетов:

   Обычно рекомендуется создать папку для пакетов в вашем домашнем каталоге:

   mkdir -p ~/R/libs

2. Настройте R для использования созданной директории:

   Запустите R и установите новый путь для библиотек:

   .libPaths("~/R/libs")

   Чтобы это изменение стало постоянным, добавьте команду в файл .Rprofile в вашем домашнем каталоге:

   cat '.libPaths("~/R/libs")' >> ~/.Rprofile

Шаг 3: Установка пакета renv

Теперь, когда вы настроили локальную директорию для библиотек, вы можете установить renv. Запустите следующую команду в терминале:

Rscript -e 'install.packages("renv", repos="https://cloud.r-project.org/")'

Здесь мы указываем явный репозиторий CRAN, так как в вашем выводе указано, что системный репозиторий не установлен.

Шаг 4: Проверка установки

После успешной установки вы можете проверить, что renv установлен корректно, выполнив следующий код в R:

library(renv)

Если никаких ошибок не возникает, установка прошла успешно.

Заключение

Теперь вы установили пакет renv в локальную директорию на вашем Debian 12 сервере. Важно помнить, что использование локальных библиотек позволяет вам работать без прав администратора и избежать конфликтов с системными библиотеками. Убедитесь, что в дальнейшем вы корректно определяете пути к библиотекам и репозиториям при установке новых пакетов.

Если у вас возникнут дополнительные вопросы или проблемы, не стесняйтесь обращаться за помощью на специализированные форумы или к сообществу R.