Как группировать по столбцу и суммировать значения

Вопрос или проблема

             ConN1   ConN2   ConN3   StN1   StN2   StN3
LINC01128 :    22      14      37     34     54     67 

df %>% group_by(gene) %>% summarise_if(is.numeric, sum)

data = aggregate(data,
                by = list(gene),
                FUN = sum)

.

Ответ или решение

Как сгруппировать по столбцу и суммировать значения: Полное руководство

Существует множество сценариев в обработке данных, где требуется сгруппировать значения по определённому столбцу и вычислить их сумму. В данной статье мы рассмотрим, как выполнить эту задачу на конкретном примере, используя язык программирования R и библиотеку dplyr.

Пример таблицы данных

Предположим, у вас есть таблица, подобная следующей:

Здесь мы хотим получить сумму значений для каждого гена по всем столбцам.

Использование dplyr для группировки и суммирования

Одним из самых удобных инструментов для обработки данных в R является пакет dplyr. Вы сможете легко осуществить группировку и дальнейшее суммирование значений.

library(dplyr)

result <- df %>%
  group_by(gene) %>%
  summarise_if(is.numeric, sum, na.rm = TRUE)

Подробности выполнения команд

1. Импорт библиотеки: Мы начинаем с подключения библиотеки dplyr, которая предоставляет удобные функции для работы с таблицами.

2. Группировка данных: Команда group_by(gene) группирует данные по уникальным значениям в столбце gene.

3. Суммирование: Функция summarise_if(is.numeric, sum, na.rm = TRUE) подводит итог, вычисляя сумму только по тем столбцам, которые являются числовыми. Аргумент na.rm = TRUE позволяет игнорировать пропущенные значения.

Использование функции aggregate

Другим подходом является использование встроенной функции aggregate. Пример кода приведён ниже:

result <- aggregate(df[, -1], by = list(df$gene), FUN = sum)

Пояснение:

• df[, -1]: Здесь мы выбираем все столбцы, кроме первого, поскольку он служит идентификатором для группировки.
• by = list(df$gene): Группировка происходит по столбцу gene.
• FUN = sum: Мы указываем, что необходимо применить функцию суммы.

Заключение

Суммирование значений по группам – это важная операция при обработке данных. Она позволяет понять, как различных генов соответствует процентное соотношение значений в разных колонках. В данном случае, использование dplyr и стандартной функции aggregate предлагает пользователям R мощные инструменты для эффективной работы с большими наборами данных.

Если вы столкнётесь с задачей, нацеленной на суммирование значений по определённым столбцам, вы можете использовать методы, описанные в этой статье, для простой и быстрой обработки данных.

Помните, что тщательное документирование ваших шагов и результатов улучшит читаемость вашего кода и упростит дальнейшую работу с ним.