Исправление меток на ребрах в сетевом анализе с помощью pyvis и networkx

Вопрос или проблема

import pandas as pd
import networkx as nx
from pyvis.network import Network
import os
from io import StringIO

csvfile = StringIO(
"""Source   Target  Weight  Label
Kate    Viki    0   1
Kate    Lilly   0.06    16
Kate    Kate    0.09    22
Kate    Tom 0.30    71
Mike    Lilly   0.04    2
Mike    Kate    1.02    239
Mike    Tom 3.99    925
Tom Lilly   0.04    2
Tom Frank   0   1
Tom Kate    0.12    30
Tom Tom 0.03    8
""")

df = pd.read_csv(csvfile, sep = '\t', engine="python")

G = nx.from_pandas_edgelist(df, source="Source", target="Target", edge_attr="Weight")

label_values = df['Label'].tolist()

for i, edge in enumerate(G.edges(data=True)):
    edge[2]['label'] = str(label_values[i])  # Назначаем случайный номер в качестве метки ребру

net = Network(notebook=True)

net.from_nx(G)

# Устанавливаем ширину ребер в зависимости от весов
for edge in net.edges:
    edge['width'] = edge['Weight']  # Устанавливаем ширину ребра в зависимости от его веса

# Устанавливаем видимость меток ребер и размер шрифта
for edge in net.edges:
    edge['label'] = edge['label']
    edge['font'] = {'size': 14}

output_file = "test-.html"

net.show(output_file)

Ответ или решение

Ваша задача заключается в том, чтобы правильно установить метки для ребер в графе, используя библиотеки pyvis и networkx. Рассмотрим код, представленный вами, и укажем, где именно возникает ошибка.

Анализ кода

Основная проблема в вашем коде заключается в том, что метки для ребер устанавливаются неправильно из-за того, как вы извлекаете их из DataFrame. При использовании G.edges(data=True) в цикле for вы назначаете метки в зависимости от индекса каждой стороны, что в результате приводит к неправильному соответствию между метками и ребрами.

Правильное решение

Чтобы исправить это, вместо использования индекса ребер, вам следует извлекать метки непосредственно из DataFrame на основе значений Source и Target каждого ребра. Ниже приведена исправленная версия вашего кода, где метки для ребер назначаются правильно:

import pandas as pd
import networkx as nx
from pyvis.network import Network
from io import StringIO

# Исходные данные
csvfile = StringIO(
"""Source   Target  Weight  Label
Kate    Viki    0   1
Kate    Lilly   0.06    16
Kate    Kate    0.09    22
Kate    Tom 0.30    71
Mike    Lilly   0.04    2
Mike    Kate    1.02    239
Mike    Tom 3.99    925
Tom Lilly   0.04    2
Tom Frank   0   1
Tom Kate    0.12    30
Tom Tom 0.03    8
""")

# Чтение данных в DataFrame
df = pd.read_csv(csvfile, sep='\s+')

# Создание графа из DataFrame
G = nx.from_pandas_edgelist(df, source="Source", target="Target", edge_attr=["Weight", "Label"])

# Создание объекта Network из pyvis
net = Network(notebook=True)

# Добавление графа в pyvis
net.from_nx(G)

# Установка ширины ребер на основе весов
for edge in net.edges:
    edge['width'] = edge['Weight']  # Установка ширины ребра

# Установка видимости меток и размера шрифта для меток
for edge in net.edges:
    edge['label'] = edge['Label']  # Установка меток на ребрах
    edge['font'] = {'size': 14}

# Сохранение результата в HTML файл
output_file = "test-.html"
net.show(output_file)

Объяснение изменений

1. Использование edge_attr=["Weight", "Label"]: Теперь мы загружаем как вес, так и метку для каждого ребра в граф G.

2. Изменение присвоения меток: Вместо того чтобы присваивать метки на основании индекса i, мы используем значение метки, загруженное в таблицу графа, гарантируя, что каждая метка соответствует своему ребру.

Заключение

Теперь при выполнении исправленного кода метки на ребрах должны отображаться корректно, согласно значениям из вашего DataFrame. Убедитесь, что при визуализации в HTML граф действительно показывает правильные метки для всех ребер.