Вопрос или проблема
Я пытался установить пакет Seurat в Rstudio в файле markdown, и, похоже, мне нужно установить libicui18n локально на CentOS, чтобы это работало:
https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/4148/seurat-installation-fails
У меня нет прав root. Так есть ли способ сделать это?
libicui18n
libicudata.so.50 -> libicudata.so.50.1.2
libicudata.so.50.1.2
libicui18n.so.50 -> libicui18n.so.50.1.2
libicui18n.so.50.1.2
libicuio.so.50 -> libicuio.so.50.1.2
libicuio.so.50.1.2
libicule.so.50 -> libicule.so.50.1.2
libicule.so.50.1.2
libiculx.so.50 -> libiculx.so.50.1.2
libiculx.so.50.1.2
libicutest.so.50 -> libicutest.so.50.1.2
libicutest.so.50.1.2
libicutu.so.50 -> libicutu.so.50.1.2
libicutu.so.50.1.2
libicuuc.so.50 -> libicuuc.so.50.1.2
libicuuc.so.50.1.2
Файлы зависят друг от друга, никаких особых зависимостей нет. Упакованы как lib64/libicu*.so… → libicu-50.1.2-15.el7.x86_64.tar.gz, который вы можете распаковать в любом месте в $HOME.
Ссылка https://drive.google.com/drive/folders/1mt62sCzGvSVkj5-osQhk466ImZ5XjPQt?usp=sharing ( libicu-devel-50.1.2-15.el7.x86_64.tar.gz также присутствует по ссылке.)
Ответ или решение
Установка libicui18n в локальной среде на CentOS без прав root может быть выполнена следующим образом:
Шаг 1: Загрузка библиотеки
Поскольку у вас нет прав администратора, вы можете загрузить необходимые файлы библиотек локально в ваше домашнее директорию. Вы можете найти tarball с нужными библиотеками по следующей ссылке:
Скачайте файл libicu-50.1.2-15.el7.x86_64.tar.gz (или аналогичный).
Шаг 2: Распаковка файла
После скачивания откройте терминал и выполните следующие команды для распаковки:
cd ~
tar -xzvf libicu-50.1.2-15.el7.x86_64.tar.gzЭто создаст директорию lib64, содержащую все необходимые библиотеки, в вашем домашнем каталоге.
Шаг 3: Установка переменных окружения
Для того чтобы ваша система знала, где искать библиотеки, необходимо задать переменные окружения. Вы можете добавить следующие строки в файл ~/.bashrc или ~/.bash_profile:
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib64:$LD_LIBRARY_PATHЭто укажет системе искать библиотеки в указанной вами директории. Сохраните файл и выполните команду:
source ~/.bashrcШаг 4: Проверка установки
Чтобы удостовериться, что библиотеки доступны, выполните следующее:
ldconfig -p | grep libicuВы должны увидеть список библиотек, связанных с libicu, указывающих на их местонахождение в вашей домашней директории.
Шаг 5: Установка пакета в R
Теперь вы можете попробовать установить пакет Seurat в RStudio:
install.packages("Seurat")Заключение
Следуя вышеуказанным шагам, вы сможете установить libicui18n локально на вашем CentOS без необходимости в правах root. Убедитесь, что пути к библиотекам прописаны правильно и что в терминале установлены все необходимые переменные окружения. Если после выполнения данных инструкций вы столкнетесь с дополнительными проблемами, пожалуйста, не стесняйтесь задавать вопросы.