zcat | head : ошибка записи из большого gz файла

Содержание

Вопрос или проблема
Ответ или решение
Возможные причины ошибки
Диагностика
1. Проверка работы head:
2. Проверка работы zcat:
3. Проверка записи в файл:
Рекомендации
Заключение

Вопрос или проблема

Я пытался использовать zcat, чтобы получить только первые 1 миллион строк сжатого файла .gzip в новый файл.

Однако я получаю следующую ошибку:

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: ошибка записи: Ошибка ввода-вывода

Я обрадовался, когда нашел эту тему и попробовал:

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

Но я снова получил ту же ошибку!

head: ошибка записи: Ошибка ввода-вывода

Кто-нибудь знает, что может происходить и как это исправить?

Правка >

По просьбе я набрал следующее после получения ошибки

tail /var/log/syslog

и получил

tail: не удалось открыть `/var/log/syslog' для чтения: Нет такого файла или директории

Это не похоже на проблему с zcat/gunzip. Можете ли вы создать файл и записать в него?

Попробуйте следующее:

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq

В порядке, пожалуйста, попробуйте и сообщите результаты:

head -n 10 /proc/cpuinfo
echo test | gzip -3 | zcat
echo test > R2.fqtest

Цель здесь — сначала протестировать правильную работу head, затем правильную работу zcat, затем способность успешно записывать в R2.fqtest.

Поскольку вы утверждаете, что все работает как ожидалось до попытки записать в R2.fqtest, которая не выдает ошибку, но также не показывает данные, которые вы записали, что-то не так с этим файлом или файловой системой. У другой программы есть доступ к записи, блокировке или ротации этого файла? Как выглядит строка fstab для запрашиваемой файловой системы? Можете ли вы размонтировать и запустить fsck для запрашиваемой файловой системы? Есть ли ошибки в логах от физического диска, лежащего в основе этой файловой системы?

Ответ или решение

Ошибка записи, с которой вы столкнулись при использовании команд zcat и head, может быть связана с несколькими факторами, включая проблемы с файловой системой, недостаток дискового пространства или другие ошибки ввода-вывода. Давайте разберёмся подробнее в возможных причинах и способах их устранения.

Возможные причины ошибки

Проблемы с файловой системой:
Ошибки записи могут указывать на более серьёзные проблемы с вашей файловой системой. Это может происходить в случае повреждения раздела диска или, например, при несоответствии типов файлов, вызывающего конфликт. Возможные предложения:
- Выполните команду df -h, чтобы убедиться в наличии свободного пространства на диске.
- Используйте утилиту fsck для проверки вашей файловой системы на наличие ошибок.
Недостаток прав доступа:
Убедитесь, что у вас есть необходимые разрешения для записи в каталог, в который вы пытаетесь сохранить файл R2.fqtest.
Фоновая активность:
Если другой процесс использует тот же файл, возможно, это может привести к конфликтам. Проверьте активные процессы с помощью команды lsof | grep R2_test.
Проблемы с устройством хранения:
Физические проблемы с диском также могут проявляться в виде ошибок ввода-вывода. Используйте команды dmesg и smartctl для диагностики состояния диска.

Диагностика

Вы уже начали с выполнения некоторых команд для диагностики. Давайте рассмотрим шаги более конкретно:

1. Проверка работы `head`:

head -n 10 /proc/cpuinfo

Если эта команда выполняется без ошибок, это подтверждает, что утилита head функционирует корректно.

2. Проверка работы `zcat`:

echo test | gzip -3 | zcat

Эта команда должна вывести "test". Если она работает корректно, zcat также функционирует.

3. Проверка записи в файл:

echo test > R2.fqtest

Если эта команда создает файл без ошибок, то проблема заключается не в процессе записи как таковом.

Заключение

Ошибка "write error: Input/output error" может быть вызвана множеством факторов, от программных до аппаратных. Следуя рекомендациям, вы сможете диагностировать и, надеюсь, устранить проблему. Обязательно сохраняйте резервные копии важных файлов, чтобы избежать потерь данных во время устранения неисправностей.