Вопрос или проблема
Я хочу установить ProteoWizard (версия Docker/Wine 64 бит) на свою Ubuntu 24.04.1 LTS x86_64. Для этого мне нужно установить Docker на своем ПК. Однако я прочитал, что следует быть осторожным с ufw (брандмауэром) при установке Docker (https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/). Мне нужно включить ufw или отключить его?
Более того, когда я выбрал программное обеспечение (Docker/Wine 64 бит) и нажал СКАЧАТЬ на странице загрузки ProteoWizard (https://proteowizard.sourceforge.io/download.html), меня перенаправили на другую страницу (https://hub.docker.com/r/chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses). Там показано:
* одна команда для Docker Pull: docker pull chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses
- две другие команды (примеры):
- docker run -it –rm -e WINEDEBUG=-all -v /ваши/данные:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert /data/file.raw
2.docker run -it –rm -e WINEDEBUG=-all -v /ваши/данные:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine SkylineCmd –dir=/data/Skyline-files –in=.sky –import-file=.raw –chromatogram-products –chromatogram-file=.tsv.
Должен ли я выполнять команду Docker pull напрямую, не скачивая Docker? У вас есть идеи?
Спасибо
Ответ или решение
Установка ProteoWizard на Ubuntu 24.04.1 LTS с использованием Docker может быть выполнена, следуя нижеуказанным шагам. Мы также рассмотрим вопросы, касающиеся конфигурации UFW (Uncomplicated Firewall) и команд Docker.
Шаг 1: Установка Docker
Перед тем как начать, вам нужно установить Docker. Выполните следующие команды в терминале:
sudo apt update
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -
sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable"
sudo apt update
sudo apt install docker-ceПосле установки Docker можно проверить его состояние с помощью команды:
sudo systemctl status dockerШаг 2: Конфигурация UFW
Что касается UFW, по умолчанию он отключен. Если вы уже используете UFW для управления сетевыми правилами на вашем ПК, следует учесть, что при установке Docker добавляются свои правила.
Если вы хотите использовать UFW, рекомендуется сначала активировать его и затем добавить необходимые правила для Docker. Для начала активируйте UFW:
sudo ufw enableПосле этого разрешите доступ к Docker:
sudo ufw allow 'Docker'Также рекомендуется проверить статус UFW:
sudo ufw statusШаг 3: Установка ProteoWizard
Теперь, когда Docker установлен, вы можете загрузить образ ProteoWizard. Выполните следующую команду для загрузки образа:
docker pull chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licensesЭта команда загружает необходимый Docker-образ.
Шаг 4: Запуск команд Docker
После того как образ загружен, вы можете использовать предоставленные команды для выполнения необходимых задач. Например:
- Для конвертации *.raw файлов:
docker run -it --rm -e WINEDEBUG=-all -v /your/data:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert /data/file.rawЗамените /your/data на путь к вашим данным.
- Для импорта файлов Skyline:
docker run -it --rm -e WINEDEBUG=-all -v /your/data:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine SkylineCmd --dir=/data/Skyline-files --in=.sky --import-file=.raw --chromatogram-products --chromatogram-file=.tsvЗаключение
Вам не нужно ничего загружать отдельно с сайта ProteoWizard, если вы используете Docker, так как все необходимые компоненты уже включены в образ, который вы загружаете через команду docker pull.
Следуя этим шагам, вы успешно установите ProteoWizard на Ubuntu 24.04.1 LTS через Docker. Убедитесь, что все ваши файлы и директории находятся в доступном для Docker месте. Если возникнут дополнительные вопросы, не стесняйтесь задавать.