Лучший способ сохранить многоп页ные графики в R

Вопрос или проблема

library(ggplot2)
library(furrr)
library(dplyr)

plan("multisession")

# определяем функцию для построения графиков
plot_graph <- function(dt) {
  
  dt |> ggplot(aes(x = x, y = y)) +
    geom_point()
}

# создаем набор данных
a <- 2e3
b <- 1e3

dt <- data.frame(
  id = rep(1:a, each = b),
  x = runif(a*b),
  y = runif(a*b)
)

# создаем список графиков
list_plots <- dt |>
  split(f = "id") |>
  purrr::map(plot_graph)

# настраиваем временную директорию
dir_out_tmp <- tempdir()
filename_out <- "temp"

# сохраняем графики во временной директории
furrr::future_iwalk(
  list_plots,
  ~withr::with_pdf(
    new = fs::path(dir_out_tmp, paste(filename_out, .y, sep = "-"), ext = "pdf"),
    width = 15,
    height = 8,
    code = plot(.x)
  )
)

# проверяем наличие файлов
files_temp <- fs::path(dir_out_tmp, paste(filename_out, names(list_plots), sep = "-"), ext = "pdf")
stopifnot(all(fs::file_exists(files_temp)))

# комбинируем графики
qpdf::pdf_combine(
  input = files_temp,
  output = fs::path(dir_out_tmp, filename_out, ext = "pdf")
)

Ответ или решение

Вопрос о том, как эффективно сохранять многостраничные графики в R, действительно актуален, особенно когда требуется создать множество графиков, таких как в вашем примере на 2000 страниц. Ваш подход с использованием furrr для параллельной обработки и сохранения отдельных графиков в формате PDF вполне разумен. Тем не менее, есть несколько альтернативных подходов, которые помогут упростить процесс и снизить количество промежуточных файлов.

Вот улучшенный способ сохранения многостраничного PDF документа непосредственно из списка графиков, минуя необходимость сохранения отдельных файлов:

1. Использование gridExtra и pdf():

Вы можете использовать пакет gridExtra, чтобы объединить все графики в одном PDF-файле. Вот пример, как это можно сделать:

library(ggplot2)
library(gridExtra)

# Определим функцию рисования графиков
plot_graph <- function(dt) {
  ggplot(dt, aes(x = x, y = y)) +
    geom_point()
}

# Создаем датасет
a <- 2e3
b <- 1e3

dt <- data.frame(
  id = rep(1:a, each = b),
  x = runif(a * b),
  y = runif(a * b)
)

# Создаем список графиков
list_plots <- split(dt, f = dt$id) %>% 
  lapply(plot_graph)

# Путь для сохранения итогового PDF
output_pdf <- file.path(tempdir(), "combined_plots.pdf")

# Создаем PDF напрямую с использованием pdf()
pdf(output_pdf, width = 15, height = 8)

# Проходим по всем графикам из списка и выводим их на PDF
for (plot in list_plots) {
  print(plot)
}

# Закрываем PDF устройство
dev.off()

2. Альтернатива с пакетом ggpubr:

Пакет ggpubr также предоставляет удобные функции для создания многостраничных графиков, что может значительно упростить задачу.

library(ggplot2)
library(ggpubr)

# Предположим, что list_plots уже создан
ggsave("combined_plots.pdf", 
       arrange_plots(list_plots, ncol = 1), 
       width = 15, height = 8)

3. Использование patchwork:

Пакет patchwork позволяет комбинировать графики более гибким образом. Вы также можете использовать этот подход, чтобы создать многостраничный PDF:

library(ggplot2)
library(patchwork)

# Предположим, что list_plots уже создан
final_plot <- wrap_plots(list_plots, ncol = 1)

ggsave("combined_plots.pdf", plot = final_plot, width = 15, height = 8)

Заключение

Выбор метода остается за вами и зависит от конкретных требований по визуализации. Если ваша задача – просто сохранить графики в формате PDF, то использование функций pdf() и print() в комбинации с циклом будет наиболее простым и эффективным решением. Если необходима более сложная компоновка графиков, тогда подойдут gridExtra, ggpubr или patchwork.

Не забудьте протестировать различные методы и выбрать тот, который лучшим образом соответствует вашим потребностям!