Вопрос или проблема
Несмотря на обновление пакета lme4, каждый раз, когда я запускаю lmer или glmer, даже на простых симулированных данных, сессия R завершается аварийно. У кого-нибудь есть идеи, как я могу решить эту проблему?
set.seed(123)
binary_sim <- data.frame(
Streptococcus = rnorm(100),
isolate = factor(rep(1:10, each = 10))
)
test_lmer <- lmer(Streptococcus ~ 1 + (1 | isolate), data = binary_sim)
Ответ или решение
Проблема, с которой вы столкнулись, может быть вызвана несколькими факторами, когда R-сессия завершает свою работу при выполнении функции lmer или glmer из пакета lme4. Рассмотрим несколько возможных причин и решений этой проблемы.
1. Проверка версий пакетов и обновление R
Убедитесь, что у вас установлена последняя версия R и пакета lme4. Иногда более старые версии R могут вызывать проблемы с совместимостью.
Вы можете проверить и обновить установленные пакеты с помощью следующей команды:
update.packages(ask = FALSE)2. Обновление зависимых пакетов
Пакет lme4 зависит от других пакетов, таких как Matrix. Убедитесь, что все зависимости также обновлены:
install.packages("Matrix")3. Проверка на наличие ошибок в коде
Ваш код имеет небольшую ошибку в создании симуляции данных. При генерации бинарных данных стоит использовать случайные значения для целевой переменной. Для создания простого линейного смешанного эффекта, ваш пример кода следует немного скорректировать:
set.seed(123)
binary_sim <- data.frame(
Streptococcus = rnorm(100),
isolate = factor(rep(1:10, each = 10))
)
# Корректный вызов lmer
library(lme4)
test_lmer <- lmer(Streptococcus ~ 1 + (1 | isolate), data = binary_sim)В этом случае вы правильно создаете данные для использования в lmer. Проблема в том, что если у вас есть ошибки в данных, это может также вызывать сбои.
4. Настройки оперативной памяти
Иногда R-сессия может завершиться из-за недостатка оперативной памяти, особенно при работе с большими наборами данных. Убедитесь, что у вас достаточно ресурсов для выполнения модели. Можно попробовать уменьшить размер данных или использовать более мощную машину.
5. Устранение неполадок с RStudio
Если вы используете RStudio, попробуйте запустить R-пакеты в консоли R, чтобы проверить, не возникают ли при этом сбои. Рекомендуется также обновить RStudio до последней версии.
6. Проверка на предмет конфликтов пакетов
Конфликт версий пакетов может вызывать проблемы. Попробуйте создать чистую среду с помощью пакета renv, чтобы удостовериться, что у вас нет конфликтующих пакетов:
install.packages("renv")
renv::init()Заключение
Если все вышеперечисленное не поможет и R-сессия продолжает завершаться с ошибкой, вы можете попробовать переустановить R и все используемые пакеты. Возможно, в системе произошла ошибка установки.
Если проблема сохраняется, вы можете обратиться на форумы поддержки R или сообщество Stack Overflow, предоставив подробную информацию о вашей системе и коде, чтобы получить более конкретные советы.