Вопрос или проблема
Я хотел бы узнать, обновлены ли виджеты биоинформатики и где я могу получить больше информации об этом инструменте.
Вот мой случай использования:
У меня есть данные RNASEQ в формате ENSEMBL, и я хочу преобразовать их в идентификаторы генов. Есть полезный онлайн инструмент для этого (скриншот)
https://www.biotools.fr/human/ensembl_symbol_converter
Но мне было бы гораздо удобнее, если бы виджет делал это внутри ORANGE.
Может кто-то помочь?
С наилучшими пожеланиями
Ответ или решение
Здравствуйте!
Отвечая на ваш вопрос о виджетах биоинформатики в Orange и конвертации данных RNASEQ в идентификаторы генов, я могу предложить вам несколько решений.
-
Обновление виджетов: Для получения актуальной информации о доступных виджетах и их обновлениях в Orange Bioinformatics, стоит ознакомиться с официальным репозиторием на GitHub и документацией на сайте Orange (https://orange.biolab.si). Часто разработка новых функций и виджетов ведётся активно, и там можно найти последние новости и изменения.
-
Конвертация в идентификаторы генов: К сожалению, на текущий момент в стандартной библиотеке виджетов Orange не существует специализированного виджета для прямой конвертации идентификаторов Ensembl в символы генов (или наоборот) непосредственно в среде Orange. Однако вы можете использовать следующие подходы:
-
Использование Python: Orange позволяет интегрировать свои собственные скрипты на Python. Вы можете использовать библиотеки, такие как
biomaRt(в R) илиpybiomart(в Python), чтобы осуществить конвертацию идентификаторов за пределами интерфейса Orange, а затем вернуть данные в нужном формате в Orange. -
Экспорт данных: Если текущий поточный виджет не поддерживает ваш запрос, вы можете экспортировать необходимые данные из Orange, конвертировать их с помощью инструмента, который вы упомянули, и затем импортировать обратно в Orange. Это может быть немного менее удобно, но это простой работоспособный вариант.
-
-
Инструменты для конвертации: Если вы ищете альтернативы онлайн-инструментам, вы можете рассмотреть такие базы данных, как Ensembl REST API или Bioconductor, которые предоставляют функции для конвертации между разными форматами идентификаторов.
-
Обратная связь и запросы: Я бы рекомендовал вам также обратиться к сообществу пользователей Orange через форумы или GitHub. Возможно, кто-то уже работает над подобным виджетом или сможет дать рекомендации по реализации вашего запроса.
Если у вас возникнут дополнительные вопросы или потребуется помощь с написанием кода, не стесняйтесь обращаться.
С уважением,
[Ваше имя]