Иногда: Невозможно подключиться к хосту 127.0.0.1 или время запроса истекло. MySQL через Sequel PRO

Я уже больше года сталкиваюсь с этой проблемой, и это действительно доставляет мне головную боль.

Я часто испытываю невозможность подключиться к MySQL серверу через SequelPRO. Если я подключаюсь к серверу по SSH, то могу без проблем использовать mysql, видеть процессы и т.д. Мое веб-приложение также работает нормально.

Когда я пытаюсь подключиться к своей базе данных MySQL через Sequel PRO, мгновенно появляется следующее сообщение:

Не удалось подключиться к хосту 127.0.0.1 или истекло время ожидания запроса.
Убедитесь, что адрес указан правильно и у вас есть необходимые привилегии, или попробуйте увеличить время ожидания подключения (в настоящее время 10 секунд).
MySQL сказал: Соединение с сервером MySQL потеряно при ‘чтении начального коммуникационного пакета’, системная ошибка: 0

Единственное решение — перезагрузить сервер. Иногда я перезагружаю сервер, и он все равно не работает. После нескольких перезагрузок он начинает работать. Но, как правило, он работает каждый раз.

• Это происходит на всех моих разных серверах forge (php5 и php7) и случается с первого дня.
• Перезапуск mysql сервера (например, sudo service restart mysql) не помогает.
• Это происходит в разных сетях (wi-fi, локально и т.д.)
• Я могу подключиться без проблем с другого Mac с другим SSH-ключом (с той же версией OSX и сборкой Sequel Pro). Я даже пытался скопировать свой собственный SSH-ключ на другой компьютер и подключиться через него. Это тоже работает.
• Это происходит в случайные моменты, часто если мой Sequel Pro был открыт, когда мой Mac спал (но не всегда — иногда я могу открыть его через 24 часа и все еще быть подключенным). Но внезапно я отключаюсь, и когда я пытаюсь войти снова, вижу следующую ошибку:
• В некоторых ситуациях я снова могу войти в MySQL через Sequel Pro, даже если ничего не делал (т.е. не перезагружал сервер).

Способ подключения:

MySQL Хост: 127.0.0.1
Имя пользователя: что-то
Пароль: что-то
Порт: 3306
SSH Хост: сервер-ip
SSH Пользователь: что-то
SSH Ключ: путь к моему id_rsa
SSG Порт: по умолчанию/не задан

Есть идеи?

Моя версия Sequel Pro: v1.1 сборка 4499
Мой OSX: OS X El Capitan v 10.11

Сервер: Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-71-generic x86_64)

MySQL: Вер 14.14 Дистриб 5.7.10, для Linux (x86_64) с использованием обертки EditLine

Похоже, у вас проблемы с подключением через SSH или поддержанием SSH-туннеля, эти ошибки обычно регистрируются в /var/log/auth.log. Вероятно, SequelPRO пытается использовать соединение, которое больше не доступно, застряло.

Вы также можете попробовать вручную настроить SSH-туннель: http://www.sequelpro.com/docs/Set_up_an_SSH_Tunnel — если это сработает, значит, это определенно ошибка/проблема с SSH-соединением SequelPro.

Упоминание 127.0.0.1 похоже на то, что вы используете функцию SSH-туннелирования SequelPro.

Смотрите Как надежно поддерживать открытым SSH-туннель для решения этой проблемы.

Вы можете быть уверены в этой проблеме, если в следующий раз, когда это произойдет, вы отключите свою SSH-сессию от сервера, повторно подключитесь, и это сработает.

Немного в темноту, но я уже сталкивался с этим и сумел это отладить.

Это действительно странный крайний случай.

Если ваш источник времени установлен на jiffies, некоторые процессоры могут не синхронизироваться друг с другом, что приводит к ситуации, когда время на одном процессоре отличается от времени на другом процессоре. Для этого может быть разница всего в 1 секунду, чтобы это вызвало проблему в MySQL.

Вы можете протестировать это следующим образом:

for i in $(seq 0 $(($(getconf _NPROCESSORS_ONLN)-1))); do taskset -c $i date & done

Каждая строка должна показывать один и тот же результат, без разницы более одной секунды. Вы должны попробовать это несколько раз, чтобы убедиться, что просто не пересекали порог в 1 секунду во время теста.

Ошибка, с которой я столкнулся, заключалась в том, что один процессор был на 1 секунду впереди другого процессора. Это привело к тому, что MySQL запрашивал время, затем снова сравнивал время с следующим новым запросом (который был на -1 секунду впереди). Поскольку это неожиданно, это привело к переполнению, и MySQL думал, что соединение старше на четыре миллиарда секунд, чем оно есть.

Если это проблема, вы должны изменить источник времени на хосте с jiffies на tsc, hpet или acpi, и проблема должна исчезнуть.

Установите в вашем ~/.ssh/config ‘ForwardAgent yes’.
Также grant all on db.* to 'user'@'127.0.0.1' identified by 'password'