Вопрос или проблема
Система:
Red Hat Enterprise Linux Server release 6.5 (Santiago)
Я установил zlib 1.2.11 в домашнюю папку Red Hat HPC в ходе установки R base 3.4.0.
Я получаю эту ошибку даже после успешной установки zlib
checking for inflateInit2_ in -lz... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
Я проверил документацию R и файл настроек на предмет того, что R требует версии новее 1.2.6, но не распознает 1.2.11 как >1.2.6, и эта конкретная ошибка была исправлена в R 3.4.
Я рассмотрел этот вопрос, опубликованный ранее, и ответ неактуален, так как R 3.4 решает эту проблему.
Было бы очень признательно за любые предложения и/или комментарии.
Это предполагает изменение файла конфигурации, которое может быть полезным: https://stackoverflow.com/questions/42076936/zlib-bz2-library-and-headers-are-requried-for-compiling-r
Ответ или решение
Ошибка: требуются библиотеки и заголовки zlib для R на HPC
В процессе установки R на вашем кластере HPC под управлением Red Hat Enterprise Linux Server 6.5 вы столкнулись с ошибкой, говорящей о том, что «требуются библиотеки и заголовки zlib». Эта проблема может быть связана с рядом факторов, включая неверные пути к библиотекам, конфликты версий или проблемы с настройкой окружения окружения. Рассмотрим основные шаги по решению данной ошибки.
1. Проверка установки zlib
Убедитесь, что библиотека zlib действительно установлена, и что установлены как библиотеки, так и заголовочные файлы. Для этого выполните следующие команды:
ls ~/zlib-1.2.11/lib
ls ~/zlib-1.2.11/includeЕсли библиотеки и заголовки присутствуют, вы должны увидеть файлы libz.so (или аналогичные) и zlib.h.
2. Установка переменных окружения
Поскольку вы установили zlib в домашний каталог, необходимо указать компилятору: где искать бибилиотеки и заголовочные файлы. Это можно сделать путем установки переменных окружения перед запуском конфигурации R:
export LD_LIBRARY_PATH=~/zlib-1.2.11/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export CPATH=~/zlib-1.2.11/include:$CPATH3. Запуск конфигурации
Теперь, используя указанные выше переменные окружения, попробуйте снова запустить скрипт конфигурации для R:
./configure --with-zlib=~/zlib-1.2.114. Патч и конфигурация настройки
Если ошибка сохраняется, возможно, необходимо внести изменения в файл конфигурации (configure.ac или configure) в соответствии с рекомендациями из выбранной вами дискуссии на Stack Overflow. Убедитесь, что строка, отвечающая за поиск zlib, корректно ссылается на вашу установку.
5. Установка зависимостей
Кроме zlib, убедитесь, что установлены все зависимости, необходимые для сборки R. Пакеты, такие как gcc, make и другие библиотеки (например, bzip2, libcurl и т.д.), могут также потребоваться для успешной сборки. Установите их с помощью вашего пакетного менеджера:
sudo yum install gcc make bzip2-devel libcurl-devel6. Проверка логов
После выполнения всех вышеперечисленных действий, если ошибка по-прежнему возникает, обратите внимание на файлы логов, которые R генерирует в процессе конфигурации. Они могут дать более полное понимание проблемы и указать на отсутствующие компоненты.
Заключение
Ошибки, связанные с зависимостями, на практике — довольно распространенное явление при установке программного обеспечения, особенно в средах HPC. Следуя вышеизложенным шагам, вы должны быть в состоянии корректно настроить библиотеку zlib и успешно установить R. Если проблемы сохраняются, рассматривайте возможность связи с системным администратором вашего кластера для оказания дополнительной помощи.