При выполнении обновления yum возникают ошибки конфликта.

Я пытаюсь выполнить обновление yum и постоянно получаю ошибки о конфликтах. Я, должно быть, случайно прервал обновление в какой-то момент, но не знаю, когда и как.

Я пробовал —skip-broken, но это мне не очень помогает, потому что я хочу обновить те части, которые сейчас отказываются обновляться.

Также я пробовал “yum remove util-linux”, но когда я попытался переустановить его, он не дал мне это сделать. Из-за ошибок конфликта, очень похожих на те, что я получаю сейчас. (Поэтому я вернулся к резервному тому, и опять оказался на нулевой позиции).

Есть идеи, как я могу это решить?

yum update
Загружаются плагины: приоритеты, обновление-motd, помощник по обновлению
amzn-main/latest                                                                                                                                                                   | 2.1 kB     00:00     
amzn-updates/latest                                                                                                                                                                | 2.3 kB     00:00     
Разрешение зависимостей
--> Запуск проверки транзакции
---> Пакет aws-amitools-ec2.noarch 0:1.5.2-0.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет aws-amitools-ec2.noarch 0:1.5.3-0.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет aws-apitools-as.noarch 0:1.0.61.4-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет aws-apitools-as.noarch 0:1.0.61.5-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет aws-apitools-ec2.noarch 0:1.6.13.0-1.1.amzn1 будет обновлен
---> Пакет aws-apitools-ec2.noarch 0:1.7.1.0-1.2.amzn1 будет обновлением
---> Пакет aws-apitools-elb.noarch 0:1.0.34.0-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет aws-apitools-elb.noarch 0:1.0.35.0-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет aws-cli.noarch 0:1.3.6-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет aws-cli.noarch 0:1.3.24-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет cloud-init.noarch 0:0.5.15-77.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cloud-init.noarch 0:0.7.2-7.20.amzn1 будет обновленным
---> Пакет cloud-init.noarch 0:0.7.2-7.27.amzn1 будет обновлением
---> Пакет curl.x86_64 0:7.35.0-2.42.amzn1 будет обновлен
---> Пакет curl.x86_64 0:7.36.0-2.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет curl.x86_64 0:7.36.0-2.45.amzn1 будет обновлением
---> Пакет cyrus-sasl.x86_64 0:2.1.23-13.13.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cyrus-sasl.x86_64 0:2.1.23-13.15.amzn1 будет обновлением
---> Пакет cyrus-sasl-lib.x86_64 0:2.1.23-13.10.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cyrus-sasl-lib.x86_64 0:2.1.23-13.13.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cyrus-sasl-lib.x86_64 0:2.1.23-13.15.amzn1 будет обновлением
---> Пакет cyrus-sasl-plain.x86_64 0:2.1.23-13.10.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cyrus-sasl-plain.x86_64 0:2.1.23-13.13.amzn1 будет обновлен
---> Пакет cyrus-sasl-plain.x86_64 0:2.1.23-13.15.amzn1 будет обновлением
---> Пакет ec2-net-utils.noarch 0:0.4-1.20.amzn1 будет обновлен
---> Пакет ec2-net-utils.noarch 0:0.4-1.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет ec2-utils.noarch 0:0.4-1.20.amzn1 будет обновлен
---> Пакет ec2-utils.noarch 0:0.4-1.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет elfutils-libelf.x86_64 0:0.152-1.12.amzn1 будет обновлен
---> Пакет elfutils-libelf.x86_64 0:0.157-2.14.amzn1 будет обновлен
---> Пакет elfutils-libelf.x86_64 0:0.158-3.16.amzn1 будет обновлением
---> Пакет file.x86_64 0:5.11-13.14.amzn1 будет обновлен
---> Пакет file.x86_64 0:5.11-13.16.amzn1 будет обновлен
---> Пакет file.x86_64 0:5.19-1.18.amzn1 будет обновлением
---> Пакет file-libs.x86_64 0:5.11-13.14.amzn1 будет обновлен
---> Пакет file-libs.x86_64 0:5.11-13.16.amzn1 будет обновлен
---> Пакет file-libs.x86_64 0:5.19-1.18.amzn1 будет обновлением
---> Пакет glibc.x86_64 0:2.12-1.132.45.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc.x86_64 0:2.17-55.84.amzn1 будет обновлением
---> Пакет glibc-common.x86_64 0:2.12-1.132.45.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc-common.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc-common.x86_64 0:2.17-55.84.amzn1 будет обновлением
---> Пакет glibc-devel.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc-devel.x86_64 0:2.17-55.84.amzn1 будет обновлением
---> Пакет glibc-headers.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc-headers.x86_64 0:2.17-55.84.amzn1 будет обновлением
---> Пакет gnupg2.x86_64 0:2.0.22-1.24.amzn1 будет обновлен
---> Пакет gnupg2.x86_64 0:2.0.24-1.25.amzn1 будет обновлением
---> Пакет httpd.x86_64 0:2.2.27-1.2.amzn1 будет обновлен
---> Пакет httpd.x86_64 0:2.2.27-1.3.amzn1 будет обновлением
---> Пакет httpd-tools.x86_64 0:2.2.27-1.2.amzn1 будет обновлен
---> Пакет httpd-tools.x86_64 0:2.2.27-1.3.amzn1 будет обновлением
---> Пакет java-1.6.0-openjdk.x86_64 1:1.6.0.0-66.1.13.1.62.amzn1 будет обновлен
---> Пакет java-1.6.0-openjdk.x86_64 1:1.6.0.0-66.1.13.1.63.amzn1 будет обновлен
---> Пакет java-1.6.0-openjdk.x86_64 1:1.6.0.0-67.1.13.4.65.amzn1 будет обновлением
---> Пакет kernel.x86_64 0:3.10.48-55.140.amzn1 будет установлен
---> Пакет kernel-headers.x86_64 0:3.10.35-43.137.amzn1 будет обновлен
---> Пакет kernel-headers.x86_64 0:3.10.48-55.140.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libblkid.x86_64 0:2.17.2-13.17.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libblkid.x86_64 0:2.23.2-6.21.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libblkid.x86_64 0:2.23.2-16.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libcurl.x86_64 0:7.35.0-2.42.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libcurl.x86_64 0:7.36.0-2.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libcurl.x86_64 0:7.36.0-2.45.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libmount.x86_64 0:2.23.2-6.21.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libmount.x86_64 0:2.23.2-16.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libpwquality.x86_64 0:1.2.3-1.2.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libpwquality.x86_64 0:1.2.3-1.5.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libtasn1.x86_64 0:2.3-3.4.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libtasn1.x86_64 0:2.3-6.6.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libuuid.x86_64 0:2.17.2-13.17.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libuuid.x86_64 0:2.23.2-6.21.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libuuid.x86_64 0:2.23.2-16.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет libxml2.x86_64 0:2.9.1-1.1.28.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libxml2.x86_64 0:2.9.1-1.1.29.amzn1 будет обновлен
---> Пакет libxml2.x86_64 0:2.9.1-1.1.31.amzn1 будет обновлением
---> Пакет mod_ssl.x86_64 1:2.2.27-1.2.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mod_ssl.x86_64 1:2.2.27-1.3.amzn1 будет обновлением
---> Пакет mysql55.x86_64 0:5.5.34-1.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55.x86_64 0:5.5.36-1.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55.x86_64 0:5.5.38-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет mysql55-common.x86_64 0:5.5.34-1.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-common.x86_64 0:5.5.36-1.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-common.x86_64 0:5.5.38-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет mysql55-libs.x86_64 0:5.5.34-1.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-libs.x86_64 0:5.5.36-1.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-libs.x86_64 0:5.5.38-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет mysql55-server.x86_64 0:5.5.34-1.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-server.x86_64 0:5.5.36-1.44.amzn1 будет обновлен
---> Пакет mysql55-server.x86_64 0:5.5.38-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nspr.x86_64 0:4.10.2-1.19.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nspr.x86_64 0:4.10.4-1.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss.x86_64 0:3.15.3-3.32.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss.x86_64 0:3.16.0-1.36.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss-softokn.x86_64 0:3.14.3-9.15.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-softokn.x86_64 0:3.16.0-1.19.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss-softokn-freebl.x86_64 0:3.14.3-9.15.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-softokn-freebl.x86_64 0:3.16.0-1.19.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss-sysinit.x86_64 0:3.15.3-3.32.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-sysinit.x86_64 0:3.16.0-1.36.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss-tools.x86_64 0:3.15.3-3.32.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-tools.x86_64 0:3.16.0-1.36.amzn1 будет обновлением
---> Пакет nss-util.x86_64 0:3.15.3-1.18.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-util.x86_64 0:3.15.3-1.19.amzn1 будет обновлен
---> Пакет nss-util.x86_64 0:3.16.0-1.22.amzn1 будет обновлением
---> Пакет openssh.x86_64 0:6.2p2-7.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет openssh.x86_64 0:6.2p2-8.41.amzn1 будет обновлением
---> Пакет openssh-clients.x86_64 0:6.2p2-7.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет openssh-clients.x86_64 0:6.2p2-8.41.amzn1 будет обновлением
---> Пакет openssh-server.x86_64 0:6.2p2-7.40.amzn1 будет обновлен
---> Пакет openssh-server.x86_64 0:6.2p2-8.41.amzn1 будет обновлением
---> Пакет openssl.x86_64 1:1.0.1e-4.55.amzn1 будет обновлен
---> Пакет openssl.x86_64 1:1.0.1g-1.69.amzn1 будет обновлен
---> Пакет openssl.x86_64 1:1.0.1i-1.78.amzn1 будет обновлением
---> Пакет pam.x86_64 0:1.1.1-13.20.amzn1 будет обновлен
---> Пакет pam.x86_64 0:1.1.8-1.25.amzn1 будет обновлен
---> Пакет pam.x86_64 0:1.1.8-9.29.amzn1 будет обновлением
---> Пакет python-boto.noarch 0:2.27.0-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет python-boto.noarch 0:2.32.0-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет python-botocore.noarch 0:0.40.0-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет python-botocore.noarch 0:0.58.0-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет python-jmespath.noarch 0:0.3.1-1.0.amzn1 будет обновлен
---> Пакет python-jmespath.noarch 0:0.4.1-1.0.amzn1 будет обновлением
---> Пакет python-simplejson.x86_64 0:3.3.0-1.5.amzn1 будет обновлен
---> Пакет python-simplejson.x86_64 0:3.5.3-1.7.amzn1 будет обновлением
---> Пакет readline.x86_64 0:6.0-4.12.amzn1 будет обновлен
---> Пакет readline.x86_64 0:6.2-6.13.amzn1 будет обновлен
---> Пакет readline.x86_64 0:6.2-9.14.amzn1 будет обновлением
---> Пакет util-linux.x86_64 0:2.23.2-6.21.amzn1 будет обновлен
---> Пакет util-linux.x86_64 0:2.23.2-16.22.amzn1 будет устаревшим
---> Пакет util-linux-ng.x86_64 0:2.17.2-13.17.amzn1 будет устаревшим
--> Обработка конфликта: glibc-2.17-55.84.amzn1.x86_64 конфликтует с audit < 2.3.0
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с coreutils < 8.20
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с sysvinit < 2.87-5
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с sysvinit < 2.87-5
--> Завершено разрешение зависимостей
--> Запуск проверки транзакции
---> Пакет glibc.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет glibc.x86_64 0:2.17-36.81.amzn1 будет обновлен
---> Пакет kernel.x86_64 0:3.4.76-65.111.amzn1 будет удален
--> Обработка конфликта: glibc-2.17-55.84.amzn1.x86_64 конфликтует с audit < 2.3.0
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с coreutils < 8.20
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с sysvinit < 2.87-5
--> Обработка конфликта: util-linux-2.23.2-16.22.amzn1.x86_64 конфликтует с sysvinit < 2.87-5
--> Завершено разрешение зависимостей
Ошибка: util-linux конфликтует с coreutils-8.4-31.20.amzn1.x86_64
Ошибка: util-linux конфликтует с sysvinit-2.87-4.dsf.10.amzn1.x86_64
Ошибка: util-linux конфликтует с upstart-0.6.5-12.10.amzn1.x86_64
Ошибка: glibc конфликтует с audit-2.2-2.17.amzn1.x86_64
 Вы можете попробовать использовать --skip-broken, чтобы обойти проблему
** Обнаружено 113 предшествующих проблем rpmdb, вывод 'yum check' ниже:
apr-1.5.0-2.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с apr-1.4.6-1.10.amzn1.x86_64
audit-2.3.2-3.19.amzn1.x86_64 является дубликатом с audit-2.2-2.17.amzn1.x86_64
audit-libs-2.3.2-3.19.amzn1.x86_64 является дубликатом с audit-libs-2.2-2.17.amzn1.x86_64
ca-certificates-2013.1.94-65.0.9.amzn1.noarch является дубликатом с ca-certificates-2012.1.95-3.12.amzn1.noarch
cloud-init-0.7.2-7.20.amzn1.noarch является дубликатом с cloud-init-0.5.15-77.amzn1.noarch
coreutils-8.21-13.31.amzn1.x86_64 является дубликатом с coreutils-8.4-31.20.amzn1.x86_64
cronie-anacron-1.4.4-7.5.amzn1.x86_64 имеет отсутствующие зависимости cronie = ('0', '1.4.4', '7.5.amzn1')
cronie-anacron-1.4.4-12.6.amzn1.x86_64 является дубликатом с cronie-anacron-1.4.4-7.5.amzn1.x86_64
cryptsetup-1.6.2-2.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с cryptsetup-1.5.1-1.3.amzn1.x86_64
cryptsetup-libs-1.6.2-2.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с cryptsetup-libs-1.5.1-1.3.amzn1.x86_64
curl-7.36.0-2.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с curl-7.35.0-2.42.amzn1.x86_64
cyrus-sasl-lib-2.1.23-13.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с cyrus-sasl-lib-2.1.23-13.10.amzn1.x86_64
cyrus-sasl-plain-2.1.23-13.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с cyrus-sasl-plain-2.1.23-13.10.amzn1.x86_64
db4-4.7.25-18.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с db4-4.7.25-17.10.amzn1.x86_64
db4-utils-4.7.25-18.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с db4-utils-4.7.25-17.10.amzn1.x86_64
1:dbus-1.6.12-5.25.amzn1.x86_64 является дубликатом с 1:dbus-1.2.24-7.16.amzn1.x86_64
1:dbus-libs-1.6.12-5.25.amzn1.x86_64 является дубликатом с 1:dbus-libs-1.2.24-7.16.amzn1.x86_64
dejavu-fonts-common-2.33-5.8.amzn1.noarch является дубликатом с dejavu-fonts-common-2.30-2.4.amzn1.noarch
dejavu-sans-fonts-2.33-5.8.amzn1.noarch является дубликатом с dejavu-sans-fonts-2.30-2.4.amzn1.noarch
dejavu-serif-fonts-2.33-5.8.amzn1.noarch является дубликатом с dejavu-serif-fonts-2.30-2.4.amzn1.noarch
12:dhclient-4.1.1-38.P1.19.amzn1.x86_64 является дубликатом с 12:dhclient-4.1.1-34.P1.18.amzn1.x86_64
12:dhcp-common-4.1.1-38.P1.19.amzn1.x86_64 является дубликатом с 12:dhcp-common-4.1.1-34.P1.18.amzn1.x86_64
e2fsprogs-libs-1.42.8-2.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с e2fsprogs-libs-1.42.3-3.17.amzn1.x86_64
elfutils-libelf-0.157-2.14.amzn1.x86_64 является дубликатом с elfutils-libelf-0.152-1.12.amzn1.x86_64
file-5.11-13.16.amzn1.x86_64 является дубликатом с file-5.11-13.14.amzn1.x86_64
file-libs-5.11-13.16.amzn1.x86_64 является дубликатом с file-libs-5.11-13.14.amzn1.x86_64
glib2-2.36.3-2.14.amzn1.x86_64 является дубликатом с glib2-2.22.5-7.11.amzn1.x86_64
glibc-2.17-36.81.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты audit < ('0', '2.3.0', None): audit-2.2-2.17.amzn1.x86_64
glibc-2.17-36.81.amzn1.x86_64 является дубликатом с glibc-2.12-1.132.45.amzn1.x86_64
glibc-common-2.17-36.81.amzn1.x86_64 является дубликатом с glibc-common-2.12-1.132.45.amzn1.x86_64
groff-1.22.2-6.10.amzn1.x86_64 является дубликатом с groff-1.18.1.4-21.7.amzn1.x86_64
groff-base-1.22.2-6.10.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты groff < ('0', '1.22.2', None): groff-1.18.1.4-21.7.amzn1.x86_64
grubby-7.0.15-5.7.amzn1.x86_64 является дубликатом с grubby-7.0.15-3.6.amzn1.x86_64
gzip-1.5-4.16.amzn1.x86_64 является дубликатом с gzip-1.3.12-19.9.amzn1.x86_64
hwdata-0.233-9.1.16.amzn1.noarch является дубликатом с hwdata-0.233-7.9.14.amzn1.noarch
info-5.1-1.9.amzn1.x86_64 является дубликатом с info-4.13a-8.8.amzn1.x86_64
initscripts-9.03.40-2.29.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты util-linux-ng < ('0', '2.23', None): util-linux-ng-2.17.2-13.17.amzn1.x86_64
initscripts-9.03.40-2.29.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты util-linux < ('0', '2.23', None): util-linux-ng-2.17.2-13.17.amzn1.x86_64
initscripts-9.03.40-2.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с initscripts-9.03.38-1.22.amzn1.x86_64
1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0-66.1.13.1.63.amzn1.x86_64 является дубликатом с 1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0-66.1.13.1.62.amzn1.x86_64
kpartx-0.4.9-72.7.amzn1.x86_64 является дубликатом с kpartx-0.4.9-64.6.amzn1.x86_64
ksh-20120801-10.12.amzn1.x86_64 является дубликатом с ksh-20100621-19.11.amzn1.x86_64
libblkid-2.23.2-6.21.amzn1.x86_64 является дубликатом с libblkid-2.17.2-13.17.amzn1.x86_64
libcom_err-1.42.8-2.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с libcom_err-1.42.3-3.17.amzn1.x86_64
libcurl-7.36.0-2.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с libcurl-7.35.0-2.42.amzn1.x86_64
libgcrypt-1.5.3-1.14.amzn1.x86_64 является дубликатом с libgcrypt-1.4.5-9.12.amzn1.x86_64
14:libpcap-1.4.0-1.20130826git2dbcaa1.10.amzn1.x86_64 является дубликатом с 14:libpcap-1.0.0-6.20091201git117cb5.9.amzn1.x86_64
libss-1.42.8-2.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с libss-1.42.3-3.17.amzn1.x86_64
libtool-ltdl-2.4.2-18.4.8.2.21.amzn1.x86_64 является дубликатом с libtool-ltdl-2.2.10-4.6.3.14.amzn1.x86_64
libudev-173-4.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с libudev-173-4.12.amzn1.x86_64
libuuid-2.23.2-6.21.amzn1.x86_64 является дубликатом с libuuid-2.17.2-13.17.amzn1.x86_64
libxml2-2.9.1-1.1.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с libxml2-2.9.1-1.1.28.amzn1.x86_64
libxslt-1.1.28-3.8.amzn1.x86_64 является дубликатом с libxslt-1.1.26-2.7.amzn1.x86_64
libyaml-0.1.6-1.6.amzn1.x86_64 является дубликатом с libyaml-0.1.4-6.5.amzn1.x86_64
mdadm-3.2.6-7.29.amzn1.x86_64 является дубликатом с mdadm-3.2.5-4.23.amzn1.x86_64
mysql-5.5-1.6.amzn1.noarch является дубликатом с mysql-5.5-1.3.amzn1.noarch
mysql-server-5.5-1.6.amzn1.noarch является дубликатом с mysql-server-5.5-1.3.amzn1.noarch
mysql55-5.5.36-1.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с mysql55-5.5.34-1.40.amzn1.x86_64
mysql55-common-5.5.36-1.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с mysql55-common-5.5.34-1.40.amzn1.x86_64
mysql55-libs-5.5.36-1.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с mysql55-libs-5.5.34-1.40.amzn1.x86_64
mysql55-server-5.5.36-1.44.amzn1.x86_64 является дубликатом с mysql55-server-5.5.34-1.40.amzn1.x86_64
nss-util-3.15.3-1.19.amzn1.x86_64 является дубликатом с nss-util-3.15.3-1.18.amzn1.x86_64
numactl-2.0.7-8.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с numactl-2.0.7-6.10.amzn1.x86_64
1:openssl-1.0.1g-1.69.amzn1.x86_64 является дубликатом с 1:openssl-1.0.1e-4.55.amzn1.x86_64
pam-1.1.8-1.25.amzn1.x86_64 является дубликатом с pam-1.1.1-13.20.amzn1.x86_64
4:perl-5.16.3-280.36.amzn1.x86_64 является дубликатом с 4:perl-5.10.1-136.21.amzn1.x86_64
perl-DBD-MySQL-4.023-2.16.amzn1.x86_64 является дубликатом с perl-DBD-MySQL-4.020-2.8.amzn1.x86_64
perl-DBI-1.627-1.7.amzn1.x86_64 является дубликатом с perl-DBI-1.609-4.4.amzn1.x86_64
1:perl-Digest-SHA-5.85-1.4.amzn1.x86_64 является дубликатом с 1:perl-Digest-SHA-5.47-136.21.amzn1.x86_64
perl-Digest-SHA1-2.13-7.6.amzn1.x86_64 является дубликатом с perl-Digest-SHA1-2.12-2.4.amzn1.x86_64
perl-Encode-Locale-1.03-4.7.amzn1.noarch является дубликатом с perl-Encode-Locale-1.02-3.1.amzn1.noarch
perl-HTML-Tagset-3.20-14.6.amzn1.noarch является дубликатом с perl-HTML-Tagset-3.20-4.4.amzn1.noarch
perl-LWP-MediaTypes-6.02-1.8.amzn1.noarch является дубликатом с perl-LWP-MediaTypes-6.01-3.3.amzn1.noarch
1:perl-Module-Pluggable-4.8-1.2.amzn1.noarch является дубликатом с 1:perl-Module-Pluggable-3.90-136.21.amzn1.x86_64
perl-Net-LibIDN-0.12-13.5.amzn1.x86_64 является дубликатом с perl-Net-LibIDN-0.12-3.2.amzn1.x86_64
1:perl-Pod-Escapes-1.04-280.36.amzn1.noarch является дубликатом с 1:perl-Pod-Escapes-1.04-136.21.amzn1.x86_64
1:perl-Pod-Simple-3.28-3.5.amzn1.noarch является дубликатом с 1:perl-Pod-Simple-3.13-136.21.amzn1.x86_64
1:perl-TimeDate-2.30-1.6.amzn1.noarch является дубликатом с 1:perl-TimeDate-1.16-11.1.4.amzn1.noarch
perl-URI-1.60-8.7.amzn1.noarch является дубликатом с perl-URI-1.40-2.5.amzn1.noarch
perl-XML-NamespaceSupport-1.11-9.7.amzn1.noarch является дубликатом с perl-XML-NamespaceSupport-1.10-3.5.amzn1.noarch
4:perl-libs-5.16.3-280.36.amzn1.x86_64 является дубликатом с 4:perl-libs-5.10.1-136.21.amzn1.x86_64
perl-podlators-2.5.1-2.7.amzn1.noarch имеет установленные конфликты perl < ('4', '5.16.1', '234'): 4:perl-5.10.1-136.21.amzn1.x86_64
3:perl-version-0.99.02-2.5.amzn1.x86_64 является дубликатом с 3:perl-version-0.77-136.21.amzn1.x86_64
psmisc-22.20-6.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с psmisc-22.6-15.8.amzn1.x86_64
pyliblzma-0.5.3-3.6.amzn1.x86_64 является дубликатом с pyliblzma-0.5.3-3.4.amzn1.x86_64
python26-2.6.9-1.46.amzn1.x86_64 является дубликатом с python26-2.6.9-1.43.amzn1.x86_64
python26-libs-2.6.9-1.46.amzn1.x86_64 является дубликатом с python26-libs-2.6.9-1.43.amzn1.x86_64
readline-6.2-6.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с readline-6.0-4.12.amzn1.x86_64
rpm-4.11.2-2.54.amzn1.x86_64 является дубликатом с rpm-4.11.1-3.49.amzn1.x86_64
rpm-build-libs-4.11.2-2.54.amzn1.x86_64 является дубликатом с rpm-build-libs-4.11.1-3.49.amzn1.x86_64
rpm-libs-4.11.2-2.54.amzn1.x86_64 является дубликатом с rpm-libs-4.11.1-3.49.amzn1.x86_64
rpm-python-4.11.2-2.54.amzn1.x86_64 является дубликатом с rpm-python-4.11.1-3.49.amzn1.x86_64
rsyslog-5.8.10-8.25.amzn1.x86_64 является дубликатом с rsyslog-5.8.10-7.24.amzn1.x86_64
sqlite-3.7.17-1.9.amzn1.x86_64 является дубликатом с sqlite-3.6.20-1.8.amzn1.x86_64
system-release-2014.03-2.0.noarch является дубликатом с system-release-2013.09-1.0.noarch
sysvinit-2.87-5.dsf.14.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты util-linux < ('0', '2.23.2', None): util-linux-ng-2.17.2-13.17.amzn1.x86_64
sysvinit-2.87-5.dsf.14.amzn1.x86_64 является дубликатом с sysvinit-2.87-4.dsf.10.amzn1.x86_64
tcp_wrappers-7.6-75.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с tcp_wrappers-7.6-57.9.amzn1.x86_64
tcp_wrappers-libs-7.6-75.11.amzn1.x86_64 является дубликатом с tcp_wrappers-libs-7.6-57.9.amzn1.x86_64
tzdata-2013i-2.23.amzn1.noarch является дубликатом с tzdata-2013c-2.18.amzn1.noarch
tzdata-java-2013i-2.23.amzn1.noarch является дубликатом с tzdata-java-2013c-2.18.amzn1.noarch
udev-173-4.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с udev-173-4.12.amzn1.x86_64
upstart-0.6.5-13.3.13.amzn1.x86_64 является дубликатом с upstart-0.6.5-12.10.amzn1.x86_64
util-linux-2.23.2-6.21.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты coreutils < ('0', '8.20', None): coreutils-8.4-31.20.amzn1.x86_64
util-linux-2.23.2-6.21.amzn1.x86_64 имеет установленные конфликты sysvinit < ('0', '2.87', '5'): upstart-0.6.5-12.10.amzn1.x86_64, sysvinit-2.87-4.dsf.10.amzn1.x86_64
2:vim-common-7.4.027-2.28.amzn1.x86_64 является дубликатом с 2:vim-common-7.2.411-1.8.17.amzn1.x86_64
2:vim-minimal-7.4.027-2.28.amzn1.x86_64 является дубликатом с 2:vim-minimal-7.2.411-1.8.17.amzn1.x86_64
xz-5.1.2-5alpha.10.amzn1.x86_64 является дубликатом с xz-4.999.9-0.3.beta.20091007git.8.amzn1.x86_64
xz-libs-5.1.2-5alpha.10.amzn1.x86_64 является дубликатом с xz-libs-4.999.9-0.3.beta.20091007git.8.amzn1.x86_64
xz-lzma-compat-5.1.2-5alpha.10.amzn1.x86_64 является дубликатом с xz-lzma-compat-4.999.9-0.3.beta.20091007git.8.amzn1.x86_64
yum-3.4.3-137.51.amzn1.noarch является дубликатом с yum-3.4.3-111.46.amzn1.noarch
yum-plugin-priorities-1.1.31-18.17.amzn1.noarch является дубликатом с yum-plugin-priorities-1.1.31-17.16.amzn1.noarch
yum-plugin-upgrade-helper-1.1.31-18.17.amzn1.noarch является дубликатом с yum-plugin-upgrade-helper-1.1.31-17.16.amzn1.noarch

Вам следует решить эту проблему, открыв тикет в службу поддержки Amazon или у того, кто предоставляет эти пакеты. Вы не можете “исправить” конфликты файлов, это проблемы упаковки.

инструкции для определения, какие пакеты [rpm] были установлены из какого репозитория из этого

Список всех пакетов RPM, установленных из репозитория “X”

Судя по amzn1, я полагаю, что у вас есть репозиторий Amazon Web Service (AWS) и вы установили кучу всего *amzn1.x86_64 оттуда.

CentOS недавно обновился с 7.6 до 7.7, и, вероятно, репозиторий AWS конфликтует с пакетами CentOS 7.7.

Я не знаком с AWS и тем, что они могут предложить для CentOS, но они являются проблемой здесь. Решение состоит в том, чтобы удалить все, связанное с amzn, и отключить их репозиторий, наряду с любыми другими репозиториями, кроме базовых репозиториев CentOS и EPEL; это было бы обычной процедурой, когда происходит нечто подобное… вернуться к базовым репозиториям операционной системы, пока все не будет работать должным образом из базового репозитория. Неудивительно, что некоторые другие репозитории для различных пакетов конфликтовали с обновлением CentOS 7.7.