Вопрос или проблема
У меня есть каталог с около тысячи файлов. Я хочу выполнить анализ только тех файлов в этом каталоге, которые, например, содержат “TCGA” в своих названиях и заканчиваются на .bam. Как направить путь только к файлам, имеющим TCGA в имени и заканчивающимся на .bam? Например, один из файлов выглядит так:
path<-"/path/to/folder/TCGA12_345.bam"
Как сформировать путь со всеми файлами
Ответ или решение
Чтобы получить доступ к файлам в каталоге Linux, которые содержат определённую строку в своих именах и заканчиваются на .bam, вы можете воспользоваться командой find. Эта команда позволяет эффективно искать файлы по заданным критериям.
Как использовать команду find
Чтобы найти все файлы, содержащие "TCGA" в своих именах и оканчивающиеся на ".bam", выполните следующую команду в терминале:
find /path/to/folder -type f -name "*TCGA*.bam"Пояснение ключевых компонентов команды:
-
find: это команда, используемая для поиска файлов и директорий в иерархии файловой системы. -
/path/to/folder: укажите путь к каталогу, в котором хотите выполнить поиск. Замените этот путь фактическим местоположением вашего каталога. -
-type f: этот параметр указывает командеfindискать только файлы (а не директории). -
-name "*TCGA*.bam": этот параметр определяет шаблон имени файла, который команда будет искать. Символы*обозначают любое количество любых символов, что позволяет находить файлы, начинающиеся с любых символов и содержат "TCGA", при этом заканчивающиеся на.bam.
Формирование пути к найденным файлам
Если вы хотите сохранить пути к найденным файлам в переменной внутри скрипта или анализировать их в дальнейшем, вы можете воспользоваться командой xargs или перенаправить вывод в текстовый файл. Вот пример, как это сделать:
- Сохранение пути в текстовом файле:
find /path/to/folder -type f -name "*TCGA*.bam" > found_files.txtТеперь все найденные пути будут сохранены в файле found_files.txt.
- Использование xargs для обработки файлов:
Если вы хотите обработать каждую найденную строку (например, передать их в другую команду или скрипт), вы можете сделать следующее:
find /path/to/folder -type f -name "*TCGA*.bam" | xargs -I {} your_command {}Замените your_command на ту команду, которую вы хотите выполнить с каждым из найденных файлов.
Заключение
Использование команды find — это мощный и гибкий способ фильтрации файлов по имени в Linux. С её помощью вы можете легко находить и обрабатывать нужные файлы по заданным критериям. Убедитесь, что у вас есть необходимые права доступа к директории, чтобы избежать ошибок при выполнении команд.