сортировка файла по первому столбцу лексически, затем по второму и третьему столбцам численно

Я хочу отсортировать мой файл, показанный ниже:

chr17   84938   85187   1   100 1
chr12   86723   87265   2   100 1
chr12   87368   87556   11  100 1
chr12   87704   87880   10  100 1
chr12   88018   88256   3   75  1
chr12   88018   88569   1   25  1
chr17   88171   69528   1   100 2
chr12   88393   88569   6   100 1
chr12   88750   88859   3   100 1
chr12   88772   88859   3   100 1
chr12   89019   89674   7   100 1
chr12   89828   90586   1   100 1
chr12   90656   90795   3   100 1
chr17   93459   92763   1   100 2
chr17   96901   69528   4   100 2
chr17   100273  99697   1   100 2
chr16   101557  97558   13  100 2
chr16   103475  101646  8   100 2
chr16   104059  105458  18  100 1
chr16   105550  105776  19  100 1
chr16   105883  106538  17  100 1
chr16   106614  107085  20  100 1
chr18   107887  109384  1   100 1
chr16   108971  108759  2   100 2

Сначала я хочу отсортировать по первому столбцу, затем по второму, а затем по третьему (все в порядке возрастания)

Я сделал это в Microsoft Excel и получил следующий результат:

chr12   86723   87265   2   100 1
chr12   87368   87556   11  100 1
chr12   87704   87880   10  100 1
chr12   88018   88256   3   75  1
chr12   88018   88569   1   25  1
chr12   88393   88569   6   100 1
chr12   88750   88859   3   100 1
chr12   88772   88859   3   100 1
chr12   89019   89674   7   100 1
chr12   89828   90586   1   100 1
chr12   90656   90795   3   100 1
chr16   101557  97558   13  100 2
chr16   103475  101646  8   100 2
chr16   104059  105458  18  100 1
chr16   105550  105776  19  100 1
chr16   105883  106538  17  100 1
chr16   106614  107085  20  100 1
chr16   108971  108759  2   100 2
chr17   84938   85187   1   100 1
chr17   88171   69528   1   100 2
chr17   93459   92763   1   100 2
chr17   96901   69528   4   100 2
chr17   100273  99697   1   100 2
chr18   107887  109384  1   100 1

Я использовал в командной строке Unix эту команду

sort -k 1,1 -nk2 -nk3 file.txt

Это дало мне:

chr17   84938   85187   1   100 1
chr12   86723   87265   2   100 1
chr12   87368   87556   11  100 1
chr12   87704   87880   10  100 1
chr12   88018   88256   3   75  1
chr12   88018   88569   1   25  1
chr17   88171   69528   1   100 2
chr12   88393   88569   6   100 1
chr12   88750   88859   3   100 1
chr12   88772   88859   3   100 1
chr12   89019   89674   7   100 1
chr12   89828   90586   1   100 1
chr12   90656   90795   3   100 1
chr17   93459   92763   1   100 2
chr17   96901   69528   4   100 2
chr17   100273  99697   1   100 2
chr16   101557  97558   13  100 2
chr16   103475  101646  8   100 2
chr16   104059  105458  18  100 1
chr16   105550  105776  19  100 1
chr16   105883  106538  17  100 1
chr16   106614  107085  20  100 1
chr18   107887  109384  1   100 1
chr16   108971  108759  2   100 2

Что я могу сделать здесь, чтобы получить вывод, аналогичный Excel?

sort -k 1,1 -nk2 -nk3 file.txt

то же самое, что и:

sort -k 1,1 -n -k 2 -n -k 3

Фактически эквивалентно:

sort -n -n -k 1,1 -k 2 -k 3

Или:

sort -k 1,1 -k 2 -k 3 -nn

Опция -n меняет критерий сортировки по умолчанию с лексического на числовой глобально. Не имеет значения, где в командной строке появляется опция (при условии, что вы не используете другие опции, которые меняют критерии сортировки), и указание ее более одного раза не имеет значения.

chr17 или chr12, не являющиеся числами, рассматриваются как номер 0 с точки зрения числового сравнения (и 17chr будет рассматриваться как 17; sort попытается интерпретировать строку как число с начала строки, пропуская ведущие пробелы и игнорируя все, что находится за пределами того, что можно интерпретировать как число).

Также обратите внимание, что -k 2 это -k 2,end-of-the-line, так что на первой строке, например, то, что будет сравниваться (ключ сортировки) это " 84938 85187 1 100 1" (включая ведущие пробелы). С -n это эквивалентно -k2b,2, где ключ сортировки будет "84938", но только потому, что ведущие пробелы и все, что после первого числа, игнорируются, когда этот ключ сортировки интерпретируется как число¹.

Если вы хотите, чтобы числовое сравнение выполнялось только для некоторых ключей сортировки, вам нужно использовать флаг n для спецификации ключа сортировки, а не глобальную опцию -n:

sort -b -k 1,1 -k 2,2n -k 3,3n

Здесь также добавление -b для обрезки ведущих пробелов из ключей сортировки глобально.

Теперь, в лексическом сравнении, как это делается для первого ключа, будьте осторожны, что chr2 сортируется после chr19. Так что, предполагая, что первое поле всегда начинается с chr, вы могли бы сортировать численно глобально, но с ключами, указанными как:

sort -nb -k 1.4,1 -k 2,2 -k 3,3

То есть с первым ключом, который является частью первого поля, начиная с 4^й позиции, интерпретируемой как nумерный, как и другие два ключа сортировки.

GNU-реализация sort также имеет опцию -V и ключ сортировки V для сортировки по Vерсии, которая работает со строками, содержащими числа. Здесь:

sort -b -k 1,1V -k 2,2n -k 3,3

В локалях, где пробелы игнорируются в первой инстанции,

sort -V -k 1,3

С частью строки от начала до конца 3^го поля как единственным ключом сортировки k, но интерпретируемым как Vерсия, это даже сработает.

^{¹ Но будьте осторожны, некоторые локали могут иметь символ, классифицируемый как пробел, в качестве разделителя тысяч, что может помешать здесь.}